做支气管纤维内镜是否痛苦，主要取决于做支气管内镜前的一些准备工作和患者自身的气管神经的敏感性。
一般如果患者的气道的神经相对比较敏感，神经的疼痛阈值比较低，以及术前没有做好相应的做内镜的准备，比如没有给一些麻醉剂，以及解除支气管平滑肌痉挛，减轻气道内黏膜渗出液水肿的一些药物，这个时候可能会导致患者出现疼痛明显，不能耐受，甚至会中断检查。
术前给予适当的镇静剂和麻醉剂对症的措施，一般都能够使患者减轻痛苦，能够耐受支气管纤维内镜的检查。